政治都市から商業都市へとかわった後も伏見は京都の商品流通を支える畿内きっての重要な都市の一つであり、伏見奉行によって統率された天領（江戸幕府直轄の領地）でした。
山代一国を支配する京都町奉行から独立した行政区で、その支配地域は、伏見市街と周辺の農村－堀内村、向島村、六地蔵村、三栖村、毛利治郎村、景勝村、大亀谷村、深草村‐で伏見廻り八ヶ村とよばれていました。
また、伏見町には石高がなく、市街屋敷等の宅地に対する地子も免除されていました。

伏見奉行所

伏見奉行所は、初め清水谷に設けられていましたが、大変不便なこともあって、小堀時代、寛永二年七月、富田信濃守邸跡（工兵第十六聯隊→桃陵団地）に移されました。
豊臣政権時代、五奉行の一人、前田玄以の支配下にあった伏見は、関ヶ原合戦（慶長五年）後は、松平下野守の支配に属し、その家臣舎人源太左衛門が奉行所を開きました。

慶長年間から元和五年（1619）までの奉行は、500～800石程度の武士二人ずつが城代の指揮の下で城下町の民政を管掌しましたが、元和六年（1920）三千石の禄高をもつ山口駿府守直之が任ぜられてからは、奉行は一人となり元和九年の廃城まで市政を担当したのですが、これらの城下町時代の奉行については不明な点が多く、後の伏見奉行と同一視することはできません。

元和九年（1623）就任した小堀遠見守政一は、一万石大名としての名声が高く、伏見奉行の初めといわれていますが、彼は伏見の町を支配する一方で、京都所司代を補佐するより広域な代官奉行でした。

正保四年（1647）に就任した水野石見守忠貞は、初めて与力住人、同士五十人を設置し江戸時代を通じての伏見奉行の原型をつくりあげ、伏見の支配に専念し、そういう意味では彼が最初の伏見奉行といえましょう。

職制

奉行

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与力（十人）

川方、寺社方、勘定方、山林方、極印改、盗賊改、地方寺社方、地方盗賊改、御囲米掛、目安方

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同心衆（五十人）

小頭、目付、居物、供方、書記方

法令下達法

伏見奉行から町民、百姓に公布する幕府の法令は、高札に掲示されます。
その觸書（ふれがき）や奉行所掟觸書は、町村役人を通じて各組長へ、組長から更に各町へ、そして各戸へ順達されました。
伏見に最初に高札が設けられたのは、慶長五年十月に、京町二丁目北の辻、讃岐町に建てて掟書を掲示して関ケ原乱後の町民を安堵させたものです。

その後讃岐町は札の辻と呼ばれています。他に京橋、直違橋、豊後橋、肥後橋、大亀谷、六地蔵、竹田口、追手筋に八ヶ所に設けられていました。

また、伏見奉行は、一カ月に四回程、定例日を設け、公事訴訟の裁許を行ったり、牢屋敷（新町三丁目西裏、憲兵隊→国税局独身寮）を管理し、処刑場を設けて一貫した司法権を行使していました。

町役人

伏見築城より形成された伏見南北二十八町には二十八名の年寄がおかれ、町務を執り行っていましたが、天和年間に次のような組織が確立されました。

（組織図略）

町内とりきめごと

水防　

出水のとき、宇治川支流の各橋上に酒造仲間が酒桶を提供し、これに水をはって橋梁流出を防ぐ。

辻番

各町内に番小屋を設置、各戸主、雇人が順番に昼夜交代する。常置しない町は、各戸順に務め、柝（ひょうしぎ）を打ち鼓をたたいて夜間時刻を知らせる。

町家（天保十三年の定書あり）

式臺（しきだい）、破風、路次、門を禁止。由緒なき寺院の破風造りを禁止。家屋敷を買得、附替の時は年寄、組頭、行事が臨席する。
毎年、春、産神への御千度回りの時は、酒三升、肴一貫二百匁を用意。子供への菓子は二百文。

伏見騒動

伏見奉行の小堀政方（安永七年～天明五年）の虐政ぶりは言語に絶するもので伏見の町民の生活は困窮し、その悲惨さは目を覆うばかりで火の消えた様な町になりました。

この暴政に抵抗して、文珠九助、丸屋久兵衛、麹屋伝兵衛、伏見屋清左エ門、柴屋伊兵衛、板屋市右衛門、焼塩屋権兵衛ら七人の伏見の町民が命をかけた越訴により、勝利を得た事件が世にいう伏見騒動です。
この事件は七人の町民の長い年月にわたる画策ののち、天明五年（1785）九月、伏見下板橋二丁目の元年寄文珠九助と京町北七丁目の丸屋九兵衛が決死の覚悟で江戸に入り、松平伯耆守の下城を待ち受けて、「御訴訟のものに御座候」と目安を指し出し、牢に入れられたことから始まります。
その後三回の追訴を指し出し、全部で五十二か条にも及びます。
訴えられた人は、奉行所役人とその下で働いた町人たちで、その内容は、小堀政方の御用金調達や冥加金、運上金の吸い上げに対するもので、奉行所役人の悪徳行為自体が幕政の可否を問われることになったことを明言しています。
この訴えの結果、天明五年十二月二十七日、小堀政方は伏見奉行を罷免されました。が、その後も事態ははかどりませんでした。

天明七年、松平定信が老中となってから江戸の評定所で天明八年正月十四日から十九回も吟味が行われ、小堀政方は、領地没収、大久保加賀守預け、家士財満満平八郎は死罪、小堀家家来、伏見奉行与力、同心衆も処罰されるという厳しい裁決がくだされました。
七人の同志のうち五人までもが死去（一人は江戸、四人は牢死）するという決死の訴えは伏見町人による一致した支援によって成就したものです。

田沼誠二が重視した都市の負担強化という政策が、伏見町人の激しい抵抗によって打ち破られた事件でした。

このように、伏見奉行によって政治的に独立した地域を形成した伏見も、やがて幕末になり、政局が京都を舞台に動き出すと、伏見でも種々の事件が起こってくるようになります。